Головним архівним підрозділом у системі ННСГБ НААН є сектор архівів, який здійснює порядок комплектування документів, їх зберігання та облік, а також сприяє їх всебічному використанню в наукових та історико-культурних цілях, відповідно до вимог Закону України «Про Національний архівний фонд і архівні установи».

Сектор архівів ННСГБ НААН формує і підтримує роботу архівного фонду № 5024, наданого ЦДАВО України, який розподіляється на декілька додаткових фондів, які мають свою внутрішню нумерацію, порядок приймання документів, належним чином науково обробляються. Серед них слід виділити архівний фонд особового походження ННСГБ НААН – сукупність документів видатної наукової постаті, що відносяться до однієї особи, сім’ї чи роду та мають аграрно-наукову й історико-культурну цінність, прийняті в установленому порядку на архівне зберігання. Він створений у 2011 р. з метою збереження для прийдешніх поколінь документів видатних учених-аграріїв України. Архівний фонд особового походження передбачає зберігання наукових, творчих, рукописних, осібних та інших документів особового походження видатних постатей, які мають винятковий науковий інтерес. Робота архіву здійснюється на основі положення про архівний фонд особового походження ННСГБ НААН, яке затверджено 29 квітня 2011 р., положення про науковий архів ННСГБ НААН та про експертну комісію при науковому архіві.