У злакових і цитрусових, на відміну від інших рослин, ретротранспозони локалізовані зчеплено і утворюють великі домени, що перериваються генами (Kalendar, 2010). Маркери засновані на оцінці поліморфізму ділянок ДнК пов’язаних з ретротранспозонами можуть бути ефективними в дослідженнях генофонду рослин, зокрема, озимої м’якої пшениці. IRAP – метод ампліфікації геномної ДНК між близько розташованими послідовностями ретротранспозонів. Продукт ПЛР-ампліфікації ДНК є стабільним генетичним IRAP-маркером. Поліморфізм може бути обумовлений мутацією в ділянці зв’язування праймера або вбудовуванням ретротранспозона cassandra в ділянку геномної ДНК. Ретротранспозон Cassandra містить кінцеві повтори та внутрішній домен з сигналом для зворотньої транскрипції.

Вихідним матеріалом були сорти озимої м’якої пшениці Колумбія, Поліська 90, Подолянка, Ятрань 60, Білоцерківська напівкарликова, Миронівська 61 та стійкий до хвороб, зокрема до фузаріозу, китайський сорт ярої м’якої пшениці Сумай.