Вірус некротичної кільцевої плямистості кісточкових (Prunus necrotic ringspot ilarvirus, ВНКПК (PNRSV)) є найпоширенішим вірусним патогеном вишні та черешні, зокрема, в Україні рівень інфікування різних типів насаджень складає 8-39%. ВНКП здатний викликати плямистості різного типу (від хлоротичних кілець до темно-некротичних ділянок), може зменшувати врожайність на 15-20% у черешні, затримувати дозрівання плодів, а також погіршувати стан рослини при зимівлі. Згідно сучасних Європейських стандартів даний патоген потребує моніторингу та контролю при виробництві садивного матеріалу. Мінливість вірусного геному сприяє появі нових високо-вірулентних ізолятів вірусів, проведення філогенетичного аналізу дозволяє визначати варіабельність геному та встановлювати генетичну спорідненість з відомими ізолятами.

Тому метою нашої роботи було вивчення українських ізолятів ВНКП на молекулярно-генетичному рівні, встановлення їх філогенетичної спорідненості з відомими ізолятами за допомогою порівняння нуклеотидної послідовності фрагменту гену капсидного білка. На основі попередньої діагностики методом ELISA було виділено зразок вишні сорту ‘Ксенія’ (Київська область) інфікований ВНКП, з якого виділили тотальну РНК за допомогою комерційного набору Genomic DNA Purification Kit (Termo scientific). Ефективність виділення перевіряли на спектрофотометрі DeNovix DS-11 при довжині хвилі 260/280 нм. Отриману РНК використовували як матрицю для ЗТ-ПЛР з праймерами PNRSV-10F, PNRSV-10R (Massart, 2008). Продукт ампліфікації довжиною в 348 п.н. сиквенували методом Сенгера. Послідовність гена капсидного білка вірусу некротичної кільцевої плямистості порівнювали з відомими послідовностями в GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) за допомогою програми BLAST.

Вперше в Україні було проведено філогенетичний аналіз фрагменту гену капсидного білка українського ізоляту ВНКП. Відомо, що ізоляти ВНКП розподіляються на три групи (PV-96, PV-32, PE-5). Наш аналіз продемонстрував, що український ізолят ввійшов до групи PV-96, також сюди належать ізоляти з Китаю (персик, слива, роза), Іспанії (нектарин), Канади (персик, черешня), Чехії (вишня), Саудівської Аравії (персик), Італії (мигдаль, абрикос, слива). Рівень ідентичності нуклеотидних послідовностей даних фрагментів складав 98-99%, загалом це найчисельніша група з усіх відомих ізолятів. Тотожність 97% відзначали з ізолятами з Тунісу (персик), Канади (персик), Індії (роза, абрикос), Чехії (вишня) та Італії (слива), ці ізоляти належать до PV-32. Остання група характеризується вираженими важкими симптомами, тоді як ізоляти з PV-96 викликають слабку симптоматику. Найбільш філогенетично віддаленими виявилися ізоляти, які належать до групи PE-5 – 91%, що можуть викликати як помірні, так і серйозні симптоми.