Оскільки оцінка якості ґрунту набуває в даний час життєво важливе значення, необхідно визначати як реально існуючу, так і можливу в майбутньому ступінь порушення навколишнього середовища. Так, як ґрунтове середовище це похідне біологічних процесів, то біологічні методи при її вивченні повинні бути пріоритетними. Такі інтегральні показники як родючість ґрунту або ґрунтове дихання не можуть бути оцінені на підставі фізико-хімічних показників. Тому для цієї мети використовують біологічний підхід який отримав назву біоіндикації.

Метод біоіндикації заснований на біологічному накопиченні речовин з навколишнього середовища організмами рослин і тварин. Ґрунтова фауна виявляється чутливішим індикатором змін, ніж рослини, які мають значну інерцію стосовно них. Використання ґрунтових безхребетних як індикаторних видів виправдано, оскільки найбільш чутливі до антропогенного впливу стадії життєвого циклу у ґрунті: яйця, личинки, лялечки.

Використовуючи рослини-індикатори можна визначити рівень родючості ґрунту. Так, якщо на луках спостерігається чина лучна, стоколос безостий, осока лисяча, то можна відмітити дуже високий рівень родючості. Але, якщо в рослинній формації переважає білоус, ситник нитковидний, котячі лапки, то рівень родючості низький.

Можна досить точно визначити, скільки солей міститься в ґрунті, якщо в екосистемі з'явилися рослини-індикатори ґрунтового засолення: подорожник солончакуватий, шведка, солерос, осот безстебловий, ситник Жерара та ін.

Поряд з цим існують рослини-індикатори стану ріллі. Якщо з'явилися мітлиця пагоноутворююча і м'ята польова, значить, на ріллі застоюється вода; розрослися щавель малий і конюшина польова - грунт став кислим; з'явилися паслін чорний і кропива пекуча – в ґрунті підвищена кількість азотних добрив, і врожай може бути забруднений нітратами. За складом рослин-бур'янів можна оцінити і інтенсивність застосування гербіцидів. Наприклад, переважання серед бур'янів звездчатки середньої і вівсюга свідчення частого застосування гербіцидів, яких ці види зовсім не бояться. Поява волошки синьої говорить про зворотне. Цей вид, гине майже від усіх гербіцидів і при хімізації зникає в першу чергу.

Подібні оцінки можна зробити і за складом безхребетних тварин в орному шарі ґрунту. При фізичних впливах зміна ґрунтових параметрів може призвести до зменшення повітрообміну та дренажу. На рівні фітоценозів це позначається у важкості проростання насіння і проникнення коренів у грунт з подальшим уповільненням росту коренів і пагонів. Отже, дрібні членистоногі, зокрема ґрунтові кліщі і ногохвостки можуть виступати індикаторами капілярної пористості.

З вищевикладеного матеріалу можна зробити висновок, що метод біоіндикації обумовлений простотою, швидкістю і дешевизною визначення якості середовища. Біоіндикатори підсумовують дію всіх без винятку біологічно важливих факторів антропогенного впливу і відображають їх вплив на стан навколишнього середовища в цілому і зокрема ґрунту, розкривають тенденції розвитку екосистем, дозволяють контролювати їх стан без необхідності постійної реєстрації хімічних і фізичних параметрів, що характеризують якість середовища та вказують місця скупчення різних забруднюючих речовин і токсикантів.