Альтернариоз вызывается несовершенными грибами, принадлежащими к роду Alternaria. Основными возбудителями фузариоза колоса являются виды рода Fusarium. Внешние проявления заболеваний часто бывает схожими, и под одним патогеном может скрываться проявление другого. В ходе определения заболевания не всегда удается точно определить род некоторых грибов (визуально и по морфологическим признакам). Для достоверной идентификации таких грибов необходимо применение современных молекулярных методов анализа ДНК, что позволяет качественно и своевременно проводить видовую диагностику фитопатогенных грибов.