Кукурудза (Zea mays L.) є однією з найпоширеніших культур в Україні та в світі. На сьогоднішній день досягнення селекції дозволили отримати велику кількість ліній та гібридів, які характеризуються високими показниками врожайності та якості зерна. Для визначення генетичного різноманіття кукурудзи застосовується різноманітні підходи, які включають оцінку кількісних та якісних морфологічних ознак, а також молекулярно-генетичний аналіз генотипів. З метою оцінки ліній кукурудзи, визначення їх відмінності та використання результатів досліджень в рамках експертизи сортів рослин на відмінність, однорідність та стабільність (ВОС) широко застосовується ДНК маркери. На сьогодні описано застосування великої кількості мікросателітних маркерів (SSR маркерів) для аналізу кукурудзи. Отже, актуальним є дослідження ліній кукурудзи різного походження для створення бази даних з метою подальшої оцінки в процесі кваліфікаційної експертизи сортів рослин на відмінність, однорідність та стабільність. Метою робити є визначення стану мікросателітних локусів лінії кукурудзи для визначення відмінності в рамках експертизи на ВОС. Матеріалом для досліджень були 100 ліній кукурудзи української та іноземної селекції. Дослідження проводили відповідно до ISO/TR 17623:2015 Molecular biomarker analysis ‑ SSR analysis of maize за 8 SSR маркерами. Продукти ампліфікації розділяли в 2-4% агарозному гелі. Розмір отриманих фрагментів визначали за допомогою програми TotalLab120, для визначених алелів розраховували їх частоти та індекс поліморфності локусу (РІС).