Поряд зі створенням та покращанням вихідного матеріалу не менш важливим завданням сучасної селекції кукурудзи залишається коректна та своєчасна його ідентифікація за генетичним походженням. Для цього використовується багато різних методів оцінки різноманітності вихідного матеріалу: за фенотипом, за гетерозисними показниками, за родоводом на основі даних «pedigree», за допомогою молекулярних генетичних маркерів та ін. В останній час для ідентифікації зародкової плазми широко використовуються молекулярно-генетичні методи досліджень і ДНК-технології як більш дешеві, ефективні та результативні Особливої уваги заслуговує метод SNP, який дозволяє виявити внутрішньовидову мінливість на рівні ДНК, що робить можливим паспортизацію, класифікацію і розподіл вихідного матеріалу на групи залежно від їх генетичних взаємовідносин.

Мета нашої роботи полягала у визначенні спорідненості ліній кукурудзи за частотою однонуклеотидних замін на основі методу SNP–генотипування. Дослідження проведені на основі 40 самозапилених ліній кукурудзи, створених в ДУ ІЗК НААН, які належать до чотирьох найбільш розповсюджених генетичних плазм при селекції середньостиглих і середньопізніх гібридів: BSSS, Iodent, Lancaster та Змішана. Аналіз проводили за методикою Golden Gate assay з використанням Illumina Bead Xpress platform. Статистичний аналіз результатів проводився з використанням Genome Studio software, спільно з фірмою BioDiagnostics Inc (США).