Наукові конференції України, IІ міжнародна науково-практична конференція «Новітні агротехнології»

Розмір шрифту: 
Філогенетичний аналіз українських ізолятів вірусу кущистої карликовості малини (ВККМ)
І. А. Ряба, К. М. Удовиченко, Л. В. Павлюк

Остання редакція: 2021-06-03

Тези доповіді


Мета. З огляду на високу шкодочинність ВККМ, метою нашої роботи було вивчення його українських ізолятів на молекулярно-генетичному рівні та встановлення їх філогенетичної спорідненості з відомими ізолятами. Методи. Зразки малини попередньо тестували на наявність ВККМ методом ІФА. З інфікованих зразків сортів ‘Персея’ (Київська обл.) і ‘Полка’ (Харківська обл.) екстрагували тотальну РНК для проведення ЗТ-ПЛР з праймерами U1F/L3R (Kokko, 1996) до послідовності фрагмента гена капсидного білка. Нуклеотидну послідовність сиквенували методом Сенгера і порівнювали із вже відомими в GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov) за допомогою програмних пакетів BLAST та MEGA-X. Результати. В результаті сиквенування було отримано нуклеотидну послідовність 466 нт, що відповідає фрагменту з 1365 по 1831 нт РНК 3 та кодує покривний білок ВККМ. Фрагменти українських ізолятів MW457594 і MW457595 виявились ідентичними на 99,8 % з єдиною синонімічною заміною нуклеотиду С на Т. Аналіз послідовностей 39 ізолятів та побудова філогенетичного дерева дозволяє говорити про високу стабільність нуклеотидної послідовності капсидного білка ізолятів ВККМ незалежно від географії їх виділення. Всі вони формують два основні кластери з середньою ідентичністю послідовностей 92,5 %. Ізоляти з України увійшли до І кластера разом з ізолятами зі Словенії, Білорусі, Фінляндії, Великобританії і Японії з рівнем ідентичності нуклеотидних послідовностей в межах 94,1-100 %, амінокислотних – 95,3-100 %, маючи спільного господаря роду Rubus. Висновки. Варіабельність геному ВККМ пов’язана з видом рослини-господаря і не залежить від його географічного походження. Висока стабільність послідовності капсидного білка ізолятів ВККМ може бути наслідком вегетативного розмноження малини, інтенсивного розповсюдження ВККМ пилком та особливостями взаємодії патоген-господар.


Ключові слова


ВККМ; ізолят; сиквенс; ідентичність

Full Text: PDF