В генетико-селекційних програмах сільськогосподарських культур для ідентифікації генотипів, складання генетичних мап, вивчення генетичних особливостей видів, їх філогенії та систематики використовують різноманітні типи молекулярно-генетичних маркерів, що дозволяє прискорити селекцію, сприяє ефективному вивченню і збереженню генофонду рослин. За допомогою RAPD- і ISSR-маркерів можливо швидко ідентифікувати велику кількість локусів, що зручно під час досліджень генетичної структури популяцій, а також еволюційних і філогенетичних процесів, які в них відбуваються.

З метою вивчення видових особливостей генетичного поліморфізму зернових видів роду Amaranthus L. за молекулярно-генетичними маркерами і можливостей їх практичного застосування було проаналізовано 18 сортів і популяцій амаранту різного еколого-географічного походження, які належать до чотирьох видів (A. caudatus L., A. cruentus L., A. hybridus L. і A. hypochondriacus L.). В дослідженні використано 10 RAPD і 7 ISSR праймерів, які при ампліфікації з ДНК досліджуваних видів амаранту дозволили ідентифікувати 203 локуси, серед яких 173 виявилися поліморфними, 30 – мономорфними (ампліфікувалися у всіх колекційних зразків), 13 – унікальними (ідентифіковані лише у якогось одного сортозразка). Останні можуть бути використані для розробки специфічних генетичних маркерів з метою паспортизації окремих генотипів, їх ідентифікації та контролю генетичної мінливості.