Важливим етапом експериментальних досліджень є ідентифікація генотипу рослини. Це частина дослідження, що застосовується при плануванні гібридизації. Одним із сучасних методів лабораторного контролю насіння є електрофорез запасних білків. Інтенсивно синтезуються запасні білки в процесі розвитку насіння, їх гетерогенний склад не залежить від умов вирощування культури і визначається генотипом та генетично закріплений у ряді поколінь.

Важливим елементом селекції і насінництва та захисту авторських прав на сорти є ідентифікація та диференціація генотипів сільськогосподарських культур. Аналіз за білковим спектром часто використовують для таких культур як пшениця, ячмінь, кукурудза, жито і тритикале. Цей метод дозволяє визначати сортову чистоту партії насіння, проводити ідентифікацію сортів, перевіряючи їх відповідність.