Насіння льону-довгунця є основним резерватором інфекції збудників хвороб та сапрофітної мікрофлори. В інфікованому насінні вони здатні зберігати свою високу життєздатність до трьох років, а потім рівень його зараженості поступово зменшується.

Посівний матеріал льону-довгунця є одним із джерел розповсюдження хвороб. Оболонка насінини льону через високий вміст полісахаридів здатна досить швидко вбирати значну кількість вологи та ослизнюватися, створюючи сприятливі умови для зараження патогенною та сапрофітною мікрофлорою.

Патогенними грибами насіння заражується протягом всього періоду вегетації. Через посівний матеріал передаються наступні хвороби: фузаріоз, антракноз, бактеріоз.

Первинне зараження насіння сапрофітними грибами частіше всього відбувається при виляганні льону, пізньому збиранні у дощову погоду. До таких сапрофітних грибів відносяться багато видів роду Alternaria, Aspergillus, Cladosporium, Penicillium.